衛福部健保署今公佈2020年，227家醫療院所財報及醫療服務申報情形，其中有31家虧損。健保署表示，賠錢前3家醫院是嘉義長庚醫院虧損10.33億元、土城醫院虧損5.63億元、亞東醫院虧損2.89億元。健保署表示，各醫療院受2020年新冠疫情衝擊，各醫院就醫人次減少，影響醫務收入，同時也影響美食街、停車場等非醫療收入，預期2021年疫情對醫療院所結餘衝擊更大。
健保署醫務管理組專委劉林義說，31家賠錢醫療院所中，虧損1000萬元以下有11家，虧損1000萬元至1億元有12家，虧損1億元以上有8家，此8家中有4家於2020年爲設立不到4年的醫院，包括土城醫院、輔大醫院、臺大癌醫、臺大生醫，虧損主因除受疫情衝擊外，也因醫院成立初期收支未達平衡。
經健保署統計，虧損排名前10大醫院分別是嘉義長庚醫院賠10.33億元、土城醫院賠5.63億元、亞東醫院賠2.89億元、輔大醫院賠2.74億元、敏盛綜合醫院賠1.87億元、臺大癌醫賠1.34億元、新樓麻豆賠1.20億元、臺大生醫賠1.09億元、長庚雲林賠0.91億元、東元醫院賠0.66億元。
劉林義說，嘉義長庚醫院於醫務收入從2019年賠4.31億元，2020年虧損減少至2.56億元，但非醫務收支從2019年賺0.96億元，2020年虧損7.77億元，主因與疫情造成停車場、美食街收入減少有關。